支线任务的接取与主线剧情的推进紧密相连，很多关键的分支内容需要玩家在完成特定的主线挑战后方能解锁。多数重要的支线与后续探索的开启，都建立在击败对应道馆馆主或推进关键剧情节点例如前往红莲岛并战胜馆主夏伯，是触发前往七岛任务线的前提。获取船票本身也是一个包含支线元素的过程，它可能源于在特定城镇完成某位NPC的请求，这张船票将是通往更广阔区域及其中大量支线任务的门票。
支线任务接取的具体实现方式，是前往游戏世界中的特定地点，并与其内的非玩家角色进行对话。这些地点遍布各个城镇、岛屿的特殊建筑，甚至是一些隐秘的角落。在一之岛的网络中心，与名为阿锦的NPC对话，便能领取到寻找红蓝宝石的经典支线任务。在探索过程中的某些房屋内，与特定的人物互动也可能直接获得技能机器或学会特殊招式，这同样可视为一种小型任务或奖励的接取。玩家需要保持与环境中每一位NPC交流的习惯，因为很多支线情报和任务起始点就隐藏在这些对话之中。
在城镇探索和野外迷宫穿行时，也存在多种形式的任务线索和接取机会。游戏初期在真新镇、常磐市等地的NPC对话，常常会给予玩家诸如获取地图、学习基础技能等引导，这些看似微小的互动是后续独立探索的基础。而在月见山、双子岛等迷宫场景中，除了应对训练师和捕捉宝可梦，解决路径上的谜题、获取深处的特定物品，其过程本身也构成了环境叙事式的任务链条。有时在完成一个区域的探索后，与相关NPC的再次对话会揭示出新的地点或敌对势力线索，从而引导出后续的支线剧情。
当玩家通过枯叶市的码头渡海，到达一系列岛屿后，才是发掘更深层支线剧情的开始。这些岛屿各自拥有独特的环境与任务，例如一之岛的任务引导玩家前往灯火山，而六之岛的遗迹山谷则隐藏着任务的后续环节。岛屿上的支线不仅限于推动剧情的任务，还包括在特定区域如树果森林采集资源，或在宝藏海滨拾取道具等自由探索内容。能否自由往返于这些岛屿之间，往往取决于是否完成了某个核心的支线目标，例如找回被夺走的宝石。
在游戏主线通关进入二周目后，整个任务结构会进一步深化，对前期已解锁区域的再次探索或与博士对话升级全国图鉴，是开启更多隐藏内容的关键。此时返回真新镇拜访大木博士，将图鉴升级为全国图鉴，是许多高级别支线与宝可梦捕捉的前提。要完全解锁所有岛屿之间的自由通行权限，可能需要完成一个跨越多个岛屿、更为复杂的宝石任务链，最终获得彩虹通行证。这一过程标志着玩家的探索从线性引导转向了更高自由度的开放体验，接取任务的场所也因此遍布于整个世界已解锁的各个角落。
